Enzim Superoksida Dismutase (SOD) berperan dalam meregulasi aktifitas senyawa prooksida dalam sel dengan mengkatalisis perubahan anion superoksida menjadi oksigen dan peroksida. Pada tanaman, diidentifikasi tiga jenis SOD (Cu/ZnSOD, FeSOD, dan MnSOD) tergantung dari kofaktor logam yang aktif pada situs (Sytykiewicz, 2014). Isoform Cu/ZnSOD ditemukan pada sitosol, kloroplas, mitokondria, peroksisom dan diluar sel, isoenzim FeSOD juga ditemukan pada kloroplas, dan MnSOD terlokalisasi di mitokondria (Lee YP, 2010).
Dalam kondisi normal tanaman, perubahan ini paling banyak terjadi pada mitokondria, dimana SOD mitokondrial (MnSOD) sebagai system enzim antioksidan endogen yang menjaga level normal spesi oksigen reaktif (ROS) yang terbentuk pada siklus respirasi. Prinsip dismutasi spesi oksigen reaktif oleh metalloenzim SOD adalah karena sifat molekular oksigen bebas yang mempunyai dua elektron yang tidak berpasangan dan perputaran parallel, maka molekul oksigen bebas lebih memilih reduksi univalen karena terbatasnya putaran saat direduksi dengan pasangan elektron. SOD mampu dengan cepat mendismutasi reduksi univalen Oksigen O2.– (Marklund, 1974). Sehingga SOD merupakan jalur utama pertahanan oksidasi.
Sifat SOD yang mampu mendismutasi spesi oksigen ini yang digunakan oleh Marklund & Marklund, 1974 dalam menentukan kandungan enzim SOD memanfaatkan reaksi penghambatan autooksidasi pyrogallol oleh enzim SOD. Pengukuran dilakukan pada panjang gelombang 325 nm dimana terjadi penyerapan maksimum oleh pyrogallol. Pengukuran serapan pada panjang gelombang maksimumnya memberikan hasil yang lebih baik sensitifitasnya dengan limit deteksi metode mencapai 1.17 U/mL atau setara dengan 3,0×10-10 mol/L. Metode ini merupakan pengembangan terbaru dari metode Marklund.
Scanning pembacaan Spektrofotometer Pyrogallol pada panjang gelombang 300-430 nm
Reaksi penghambatan autooksidasi pyrogallol sangat bergantung pada pH larutan, pH ideal dijaga agar berkisar 7,9 dimana 99% autooksidasi pyrogallol dihambat oleh SOD (Marklund, 1974).
Bahan yang harus disiapkan :
Pyrogallol (ditimbang 25 mg dalam 10 ml ddH2O)
Buffer Fosfat atau PBS 50 mM pH 7,4
Buffer pereduksi dari Tris-Cl 50 mM pH 8,2 dan buffer EDTA 1 mM pH 8,0
Nitrogen cair untuk preparasi sampel
Uji tambahan : pengujian protein (optional) untuk mengetahui jumlah protein total (mg protein) yang ditambahkan kedalam reaksi.
Preparasi sampel :
Ditimbang sebanyak 0,5 gram, digerus dengan penambahan nitrogen cair.
Dipindahkan ke mikrotube 1,5 mĺ dan ditambahkan 1-1,5 ml buffer fosfat atau PBS.
Sentrifugasi sampel 10.000 rpm selama 15 menit (suhu 4°C)
Supernatan hasil sentrifugasi dipindahkan ke tube baru untuk uji protein total dan SOD.
Selama handling sampel diletakan di dalam ice box (4°C)
Uji kuantitas protein total (optional) :
Diambil sebanyak 8 ul supernatan dimasukkan ke dalam sumuran microplate, tandai sesuai plot sampel.
Dibuat deret Standar Protein dengan memipet 1 ul, 2 ul, 3 ul, 4 ul, 5 ul, 6 ul, 7 ul dan 8 ul ke dalam sumuran dan ditambahkan dH2O sehingga volume total 8 ul dan diperoleh konsentrasi 0,25, 0,50, 0,75; 1,0; 1,25; 1,50; 1,75; dan 2 mg/ml.
ke dalam sumuran sampel dan standar ditambahkan reagen bradford masing-masing sebanyak 200 ul dan dihomogenkan.
Absorbansinya dibaca pada panjang gelombang 595 nm dengan alat Mikroplate/ELISA reader.
Hasil pembacaan absorbansi sampel diplotkan pada kurva standar untuk perhitungan konsentrasi.
Uji kuantitas protein ini dapat dilakukan jika dikehendaki jumlah protein yang direaksikan diketahui, tapi jika tidak pun tidak berpengaruh terhadap hasil. Karena aktivitas enzimatis tidak dipengaruhi oleh jumlah protein/enzim yang ditambahkan kedalam reaksi. Hasil pengukuran aktivitas SOD nya bisa sama antara penambahan 0,1 ml sampel dan 0,01 ml.
Deret standar dan sampel (8 ul) yang sudah ditambahkan reagen Bradford (200 ul), larutan berwarna kompleks biru saat reagen Bradford berikatan dengan protein
Pengukuran pada alat ELISA reader panjang gelombang 595 nm
Batas pengukuran alat adalah 3,000 absorban, sehingga jumlah protein yang disarankan berkisar 40-60 mg (aktivitas yang terlalu besar menyebabkan perubahan autooksidasi pyrogallol sukar diamati). Prinsip pengujian ini adalah penghambatan autooksidasi pyrogallol sehingga absorbansi sampel akan lebih kecil dari blank. Jika didapati hasil uji negatif (absorbansi sampel lebih besar dari absorbansi blank), artinya oksidasi pyrogallol tidak teramati. Pengujian bisa dicoba ulang dengan menambah jumlah pyrogallolnya pada sampel dan blank. Atau kemungkinan pada sampel sudah tidak terdapat enzim SOD (habis atau rusak), alternatifnya bisa diukur enzim POD/CAT atau H2O2 level karena produk perubahan SOD adalah H2O2.
Uji SOD dengan Spektrofotometer UV-Vis :
Disiapkan buffer pereduksi dan larutan pyrogallol, beserta supernatan sampel.
Setting alat dipilih pada mode “Kinetik” untuk mendapatkan data Absorbansi pada rentang waktu (delta A).
Waktu pembacaan diatur 3-5 menit interval 1 menit
Sampel diukur satu – persatu direaksikan :
Asample :
1 ml buffer Tris-EDTA 0,008 ml sampel ~ 8 ul 0,010 ml Pyrogallol ~ 10 ul –‐———— + 1,018 ml total larutannya
Ablank (pyrogallol) :
1 ml buffer Tris-EDTA 0,008 ml aquadest ~ 8 ul 0,010 ml Pyrogallol ~ 10 ul –‐———— + 1,018 ml total larutan
Blank Spektro (dipasang di B untuk mengenolkan nilai matrix – selain pyrogallol)
1 ml buffer Tris-EDTA 0,008 ml aquadest ~ 8 ul –‐———— + 1,008 ml total larutannya
Langkah preparasi sampel merupakan suatu tahapan penting yang harus diperhatikan sebelum memulai kegiatan analisis. Langkah ini dapat bervariasi pada sampel tergantung pada matriks sampel tersebut dan kondisi saat preparasi. Preparasi sampel protein/enzim yang bersifat sensitif cahaya dan Oksigen-sensitif seperti pada enzim Nitrogenase harus dilakukan pada kondisi anaerob. Sampel harus dihindarkan dari paparan Oksigen. Untuk menjaga agar kondisi sampel saat preparasi, digunakan teknik penyiraman (flushing) dengan nitrogen cair secara berulang pada sampel selain penambahan 1mM DTT pada buffer ekstraksi. Dengan teknik preparasi ini diperoleh hasil analisis SDS-PAGE sampel enzim target Nitrogenase pada bintil akar tanaman muncul pada sekitar berat molekul Nitrogenase 43 kDa. Penyiraman (flushing) berulang dengan nitrogen cair ini dapat dikembangkan sebagai teknik isolasi sampel protein/enzim yang bersifat Oksigen-sensitif.
Analisis sampel protein/enzim sering dilakukan di Unit Fasilitas Penelitian Bersama (FALITMA) Fakultas Biologi UGM. Sampel protein yang dianalisis merupakan produk hasil fermentasi, biosintesis dan biomolekul hasil metabolit sekunder maupun primer dalam sampel biologis. Sampel protein/enzim ini cenderung rentan mengalami perubahan sifat terhadap kondisi lingkungan diluar sampel seperti suhu, pH dan cahaya, juga terhadap matriks sampel itu sendiri. Pada langkah persiapan sampel dan isolasi, beberapa sampel protein/enzim memerlukan perlakuan khusus agar kandungan analit dalam sampel dapat dianalisis. Perlakuan pada matriks ekstraselular untuk mengurangi komponen yang dapat merusak sampel protein/enzim, diantaranya; penambahan proteinase inhibitor cocktail untuk mencegah protease pada matriks merusak protein pada proses isolasi (Loddick, 2013), penambahan polimer hidrofobik PVP10 untuk penyerapan matriks senyawa fenolik dan ROS yang dapat menyebabkan degradasi protein (Yao, 2006), dan penambahan EDTA/EGTA sebagai pengkhelat logam Mg2+ dan mencegah kontaminasi metalloprotein (Ritchie, 2012).
Ekstrasi enzim Nitrogenase yang berasal dari tanaman mempunyai kerumitan tersendiri karena enzim Nitrogenase ini bersifat sensitif terhadap cahaya dan juga Oksigen-sensitif, sangat mudah rusak jika terpapar oleh Oksigen. Ekstraksi enzim Nitrogenase harus dilakukan pada kondisi anaerob, temperatur terjaga, juga minim pencahayaan.
Untuk menjaga enzim Nitrogenase agar tetap baik hingga saat dianalisis, maka, pada teknik preparasi enzim dilakukan secara anaerob dengan penambahan Ditiothreitol (DTT) sebanyak 1 mM dan Sodium Dithionite (Na2S2O4) sebanyak 2 mM pada langkah preparasi. Penambahan ini bertujuan untuk mempertahankan suasana anaerob saat ekstraksi, dengan DTT bertindak sebagai deprotecting atau agen pereduksi dari gugus Sulfhidril yang mampu mengoksidasi protein sehingga menyebabkan hilangnya aktifitas (Klonne, 1998), sedangkan Sodium Dithionite adalah garam anorganik yang mampu mereduksi senyawa oksidatif (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Sodium_dithionite).
Karena ketiadaan bahan pereduksi Sodium Dithionite, maka, kami menggunakan bahan pengganti yang mempunyai sifat mampu mempertahankan suasana anaerob pada sampel. Kami mengamati pada laboratorium Mikrobiologi UGM menggunakan gas Nitrogen non-fluid untuk inkubasi bakteri anaerob. Sehingga, liquid Nitrogen kami pilih sebagai bahan alternatif selama pelaksanaan ekstraksi. Nitrogen cair ini merupakan bahan yang mudah didapatkan di Fakultas Biologi UGM karena kami mempunyai tangki cryo untuk menyimpan sel dan bakteri dalam nitrogen cair. Teknik preparasi yang kami terapkan adalah perlakuan penyiraman (flushing) secara berulang pada sampel sebanyak 3 kali; sesaat setelah pemecahan sampel, saat penggerusan, dan saat pemindahan sampel yang telah dihaluskan kedalam mikrotube. Dengan teknik tersebut sampel yang bersifat sensitive-Oksigen seperti enzim Nitrogenase dapat kami analisis dengan SDS-PAGE tanpa kehilangan pita enzim target pada 43 kDa.
METODE
Pengujian ini dilakukan di unit Fasilitas Penelitian Bersama (FALITMA), Fakultas Biologi UGM. Sampel yang telah diambil dari lapangan disimpan dalam standing pouch aluminium atau dibungkus alumunium foil. Penyimpanan sampel dan preparasi untuk analisis enzim Nitrogenase dilakukan pada -20°C.
Alat dan Bahan. Alat yang kami gunakan pada percobaan ini adalah seperangkat SDS-PAGE (BioRad), pH-meter (Metrohm), sentrifuge dingin (Hettich), ELISA reader (BioTek), timbangan analitik semi mikro (AND), lumpang dan pestle, serta bahan habis pakai seperti mikrotube, pipet tip, konikal, dan sebagainya. Adapun bahan yang kami gunakan adalah nitrogen cair, basa Tris (Merck), Titriplex III (Merck), SDS (Roche), DTT (Roche), protein standar 2 mg/ml (Roche), akrilamid 30% (BioRad), reagen Bradford (Sigma Aldrich), APS (Amresco), 2x sample buffer (Santa Cruz), ẞ-mercaptoethanol (Merck), TEMED (Amresco), dan isopropanol (Merck).
Preparasi Sampel. Sebanyak 0,5 gram sampel bintil akar kedelai ditimbang, disiram dengan nitrogen cair (flushing) dan dibiarkan hingga setengah lunak, sampel kemudian dihancurkan menggunakan lumpang dan pestle. Di tengah proses penggerusan, sampel disiram kembali dengan nitrogen cair untuk membantu penghancuran sampel menjadi seperti serbuk. Setelah itu sampel dipindahkan ke mikrotube, sebelum ditutup sampel disiram kembali dengan nitrogen cair dan ditunggu hingga nitrogen cair habis barulah ditutup.
Ekstraksi Mitokondrial. Kedalam sampel ditambahkan buffer ekstraksi (Tris-Cl 50 mM pH 8,0, EDTA 1 mM, SDS 2,5%, dan DTT 1 mM). Kemudian campuran disentrifuge pada kecepatan 14.000 xg selama 10 menit pada suhu 4°C. Supernatan yang terbentuk dikumpulkan kedalam mikrotube baru dan disimpan pada suhu -20°C sebagai lysat protein.
Analisis Kadar Protein Terlarut Total. Sebanyak 8 µl lysat protein ditambahkan 200 µl reagen Bradford yang sudah disuhu-ruangkan. Kompleks biru yang terbentuk dibaca densitas optiknya OD595 pada ELISA reader dengan panjang gelombang 595 nm. Kuantitas protein ditentukan melalui persamaan kurva dari pengukuran deret Protein standar 2 mg/ml.
Analisis SDS-PAGE (Laemmli). Dibuat resolving gel 12% dengan mencampurkan 3,45 ml dH2O, 2,5 ml 4x buffer Tris-Cl pH 8,8, 4,0 ml Akrilamid 30%, 50 µl APS 10%, dan 5 µl TEMED (sesaat sebelum dituang). Larutan resolving kemudian dituangkan pada cetakan spacer dan glass plate hingga tersisa sepertiga dari cetakan. Sebelum larutan resolving memadat, ditambahkan isopropanol untuk meratakan permukaan resolving gel, setelah gel memadat, isopropanol dihilangkan dengan kertas saring. Dibuat stacking gel 4% dengan mencampurkan 3,05 ml dH2O, 1,25 ml 4x buffer Tris-Cl pH 6,8, 0,67 ml Akrilamid 30%, 25 µl APS 10%, dan 5 µl TEMED (sesaat sebelum dituang). Larutan stacking kemudian dituangkan pada cetakan hingga memenuhi sisa ruang pada cetakan dan dipasangkan sisiran pada bagian atas cetakan. Sampel lysat protein dipersiapkan dengan penambahan 2x sampel buffer 2:1 dan 1 µl ẞ-mercaptoethanol, denaturasi dilakukan pada suhu 60°C selama 3 menit. Elektroforesis dilakukan selama 1 jam pada 50 voltase hingga mencapai resolving gel dan dilanjutkan kembali dengan voltase 100 volt selama 1 jam.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Teknik preparasi sampel pada protein/enzim memerlukan perlakuan khusus agar target protein/enzim pada sampel tidak mengalami kerusakan. Preparasi ini melibatkan pemilihan buffer dengan pH yang sesuai, penambahan aditif yang menjaga sampel protein/enzim dari kerusakan, dan perlakuan kimia maupun fisika untuk membantu proses isolasi protein/enzim target. Pemilihan strategi preparasi yang tepat sangat tergantung pada matriks dan sifat sampel tersebut.
Enzim Nitrogenase adalah suatu enzim yang berfungsi mengkatalisis pembentukan Ammonia (https://proteopedia.org/wiki/index.php/Nitrogenase). Nitrogenase memerlukan perlindungan dari Oksigen dan bersifat sangat Oksigen-sensitif. Sebagai katalis, Nitrogenase terbentuk melalui jalur perakitan multigen dan aktivasi fungsinya. Mitokondria adalah tempat terjadinya fotosintesis, pada matriks mitokondria ini terdapat enzim pengubah Oksigen yang membuat enzim-enzim yang bersifat Oksigen-sensitif mampu berfungsi. Matriks mitokondrial adalah lokasi yang sesuai untuk pembentukan dan aktivitas Nitrogenase (Curatti dan Rubio, 2014).
Sampel dengan sifat yang rentan dan matriks yang komplek seperti pada analisis enzim Nitrogenase ini, memerlukan langkah preparasi yang sesuai agar protein/enzim dapat dipertahankan keaktifannya hingga tahap proses analisis sehingga data yang diperoleh merupakan data yang sebenarnya/valid. Sebagian besar protein/enzim merupakan zat yang rentan suhu dan pH, preparasi dan analisisnya sebaiknya dilakukan pada suhu dingin (4°C) dan pH buffer yang dipertahankan. Untuk menghindari paparan Oksigen, enzim Nitrogenase perlu dipreparasi secara anaerobic.
Cara mempertahankan kondisi sampel agar bersifat anaerob adalah dengan menambahkan 1 mM DTT dan 2 mM Sodium Dithionite (Lundquist & Huss-Danell,1991). DTT dan Sodium Dithionite akan bertindak sebagai protector agent yang melindungi sampel dari paparan Oksigen radikal maupun Oksigen bebas pada lingkungan sampel, dengan mekanisme penghambatan/reduksi senyawa Oksigen. Di laboratorium kami sudah ada bahan DTT, namun kami belum bisa mendapatkan bahan Sodium Dithionite. Untuk itu, kami mencoba melakukan penggantian bahan dan mencari alternatif pengkondisian anaerob pada sampel. Kebetulan di laboratorium Mikrobiologi Fakultas Biologi UGM menggunakan gas Nitrogen sebagai pengkondisi anaerob. Sehingga kami menggunakan Nitrogen cair untuk membuat kondisi anaerob pada sampel dengan kontak paparan Nitrogen yang lebih lama (hingga masuk ke mikrotube).
Hasil yang kami peroleh setelah sampel dianalisis dengan SDS-PAGE adalah sebagai berikut :
Sampel menunjukkan memiliki pita pada lokasi target enzim Nitrogenase sebesar 43 kDa (Stal & Bergman, 1990) yang masih dapat diamati. Perbedaan ketebalan pita karena sampel mengalami perlakuan cekaman logam berat.
Dari gambar 1 diatas dapat diamati dengan cukup jelas dan masih terlihat pita pada lokasi enzim target yaitu pada 43 kDa. Hasil ini sudah sesuai dengan metode analisis dari jurnal yang kami jadikan acuan.
KESIMPULAN
Dari hasil pengujian kami, dapat kami simpulkan sebagai berikut :
Penggantian bahan Sodium Dithionite dengan Nitrogen cair dapat dilakukan, hanya teknik pengaplikasiannya harus dilakukan berulang; saat sampel hendak digerus, di tengah penggerusan sampel, dan saat sampel dipindahkan kedalam mikrotube.
Nitrogen cair mampu mempertahankan kondisi sampel bersifat anaerob sehingga enzim Nitrogenase masih dapat diamati.
DAFTAR PUSTAKA
Loddick, Sarah A., Ross, Sarah J., Thomason, Andrew G., Robinson, David M., Walker, Graeme E., Dunkley, Tom PJ., Brave, Sandra R., Broadblent, Nicola, Stratton, Natalie C., Trueman, Dawn, Mouchet, Elizabeth, Shaheen, Fadhel S., Jacobs, Vivien N., Cumberbatch, Marie, Wilson, Joanne, Jones, Rhys D.O., Bradbury, Robert H., Rabow Alfred, Gaughan, Luke, Womack, Chris, Barry, Simon T., Robson, Craig N., Critchlow, Susan E., Wedge, Stephen R., and Brooks, Nigel A. 2013. AZD3514: A Small Mollecule that Modulates Androgen Receptor Signaling and Function in Vitro and in Vivo. Mol Cancer Ther. 12(9): 1715-1727.
Yao, Yuan, Yang, Yi-Wei, Lu, Jin-Yuan. An Efficient Protein Preparation for Proteomic Analysis of Developing Cotton Fibers by 2-DE. 2006. Wiley Electrophoresis Journal. 27 : 4559-4569.
Praktikum Diklat Laboran bidang Human dan Biomedik 2018
Praktikum PCR-RFLP ini merupakan aplikasi teknik PCR untuk melihat bakat penyakit kanker darah pada pasien. DNA pada darah pasien diisolasi kemudian diperbanyak dengan amplifikasi PCR. DNA tersebut kemudian di digest menggunakan enzim restriksi Msp1 yang memecah urutan CC GG dan GG CC sehingga akan terbentuk 2 band pada pasien yang positif/mempunyai bakat kanker darah (terdapat band tambahan pada 165,42 bp).
Isolasi DNA dari sampel darah
Siapkan tube steril 1,5 ml dan tuliskan nama sampel
Set mikropipet dan tip steril
Kit Ekstraksi DNA “Favorgen”
Step 1. Lisis sel darah merah
Pindahkan 300 ul sel darah dalam tube 1,5 ml + 900 ul RBC lysis buffer (3 x sampel vol.)
Inkubasi 10 menit di suhu ruang (dibolak-balik)
Sentrifugasi 10.000 rpm selama 5 menit, buang supernatant
Resuspensi pellet dengan 100 ul RBC lysis buffer
Step 2. Lisis sel darah putih
Tambahkan buffer FABG 200 ul, di-vortex mixing –>FABG memecah sel darah putih shg DNA dan RNA nya keluar
Inkubasi 10 menit di suhu ruang (dibolak-balik)
Lakukan pipetting jika terjadi presipitat
Step 3. Pengikatan
Tambahkan 200 ul Ethanol absolut dingin, vortex 10 detik
Masukkan kolom FABG kedalam collection tube, pindahkan sampel ke kolom FABG
Sentrifugasi 10.000 rpm selama 5 menit, buang collection tube
Ganti collection tube dengan yang baru
Step 4. Pencucian
Cuci kolom FABG dengan 400 ul buffer W1
Sentrifugasi 10.000 rpm selama 30 detik, buang supernatant
Pasangkan kembali collection tube ke kolom FABG
Cuci kolom FABG dengan 600 ul buffer W1
Sentrifugasi 10.000 rpm selama 30 detik, buang supernatant
Pasangkan kembali collection tube ke kolom FABG
Sentrifugasi 10.000 rpm selama 3 menit untuk mengeringkan kolom
Step 5. Elusi DNA
Pindahkan kolom FABG ke tube 1,5 ml steril (baru)
Tambahkan 50-100 ul buffer elusi hangat, biarkan selama 5 menit
Sentrifugasi 10.000 rpm selama 30 detik
DNA yang terkumpul dalam tube 1,5 ml disimpan pada suhu -20 C
2. Kuantifikasi DNA dengan Spektrofotometer Nanodrop
3. Polymerase Chain Reaction
4 dan 5. Elektroforesis Hasil PCR dan pengamatan hasil elfo menggunakan UV-transiluminator
6 dan 7. PCR-RFLP (Restriksi enzim Msp1) dan elektroforesis hasilnya
In Cooperation Universitas Gadjah Mada – Humboldt University Berlin
Organizers : Dr. Yekti Asih Purwestri (UGM), Prof. Bernhard Grimm (HUB), Dr. Tri Rini Nuringtyas (UGM), Febri Adi Susanto (UGM), Daniel Hey (HUB), Josephine Herbst (HUB)
Dalam course ini, praktikan menginvestigasi efek mutasi yang menyebabkan kerusakan fisiologis dan vitalitas pada tanaman transgenik. Rangkaian eksperimen yang dilakukan merupakan analisis primary dari jalur transgenik dengan deregulasi biosintesis tetrapyrolle pada tanaman. Data informasi genetik tanaman (DNA, RNA dan level ekspresi protein) diperoleh dari ekspresi gen target Magnesium-protoporphyrin IX methyltransferase (MgPMT) saat terjadi perubahan pada jalur metabolisme biosintesis tetrapyrolle.
Eksperimen yang dilakukan meliputi ; DNA genotyping, semi-quantitative PCR, analisis kuantitas pigmen, analisis immunodeteksi akumulasi CHLM_SYNY3, dan analisis tambahan untuk melihat ekspresi translasional pada promoter beta-glucoronidase (GUS) serta pengamatan flouresensi GFP-fused protein yang terbentuk secara in-vivo pada Arabidopsis thaliana trans.
Metode tidak dituliskan secara detail di blog ini. Jika ingin mengikuti pelatihannya secara lengkap bisa menghubungi PAU Bioteknologi UGM.
1. Analysis of genomic DNA by PCR ‘genotyping’
2. RNA extraction and semi-quantitative PCR
3. Pigmen extraction and quantitative analysis
4. Analysis of protein accumulation by Immunodetection
Fasilitas Penelitian Bersama atau bisa disingkat FALITMA adalah Fasilitas yang dimiliki Fakultas Biologi untuk mengakomodir keperluan penelitian civitas akademik. Adapun tata cara penggunaan fasilitas tersebut diatur dalam tata cara dan ketentuan menggunakan fasilitas sebagai berikut :
TATA CARA DAN KETENTUAN MENGGUNAKAN FASILITAS LABORATORIUM BERSAMA (FALITMA) FAKULTAS BIOLOGI UGM
PENGANTAR
Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA) merupakan sarana laboratorium riset yang melayani kegiatan penelitian, penelitian kooperatif terpadu, jasa penelitian, dan produksi hasil pada Fakultas Biologi UGM yang digunakan secara bersama-sama oleh para dosen / peneliti dari Fakultas Biologi maupun dari disiplin ilmu yang terkait, mahasiswa pascasarjana, dan peneliti perorangan dari lembaga atau instansi lain.
Layanan dan kegiatan penelitian yang dapat dilaksanakan oleh Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA) ini antara lain:
Aktivitas penelitian di FALITMA didukung berbagai fasilitas peralatan modern untuk keperluan kegiatan penelitian. Mengingat alat – alat laboratorium tersebut harus ditangani secara hati – hati, dan memerlukan pemeliharaan khusus, maka Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA) perlu mengatur pemanfaatan fasilitas laboratorium yang didasarkan atas kategori penelitian. Di samping itu juga menetapkan satuan biaya penyusutan alat – alat yang digunakan.
KATEGORI PENELITI
Peneliti yang dapat menggunakan Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA) dikategorikan berdasar atas sumber dana yang diperoleh, serta lembaga penanggung jawab pengelola sumber dana. Atas dasar tersebut, maka kategori penelitian ditetapkan sebagai berikut :
Peneliti Utama adalah staf dosen / peneliti Fakultas Biologi UGM.
Peneliti Utama yang melakukan penelitiannya di bawah tanggung jawab Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA), dalam hal ini FALITMA menandatangani kontrak kerjasama penelitian.
Peneliti Utama bukan staf dosen / peneliti Fakultas Biologi UGM.
Peneliti perorangan dari institusi pemerintah maupun swasta di luar UGM.
Mahasiswa S2/S3 pada Fakultas Biologi UGM.
Mahasiswa S2/S3 dari Program Studi Lain.
Mahasiswa S1 yang memperoleh ijin khusus dan di bawah bimbingan salah satu staf
HAK DAN KEWAJIBAN PENELITI
Para peneliti wajib menaati peraturan atau tata tertib yang berlaku di Fasilitas Laboratorium Bersama.
Peneliti diperbolehkan memanfaatkan fasilitas yang ada di FALITMA secara bertanggung jawab.
Memperoleh tempat kerja untuk penelitian.
Diperkenankan untuk membawa kunci laboratorium dengan persetujuan Kepala Laboratorium.
BIAYA / FEE PENELITIAN
Besarnya biaya/fee penelitian ditentukan sebagai berikut :
Penelitian dalam kategori 1 dan 2 dikenakan biaya sebesar 5 % dari nilai total kontrak.
Penelitian dalam kategori 3 dikenakan biaya sebesar 5 % dari nilai total kontrak dikalikan prosentase volume penelitian yang akan dilakukan di Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA).
Apabila nilai kontrak pertahun antara seratus lima puluh sampai dengan dua ratus juta rupiah, maka besarnya biaya akan dikembalikan sebesar 10 %, sedangkan apabila nilai kontrak lebih dari dua ratus juta, akan dikembalikan sebesar 20 % dari total biaya yang harus dibayarkan.
Penelitian dalam kategori 4 dikenakan biaya seperti pada penelitian kategori 3.
Penelitian dalam kategori 5 akan dikenakan bench fee sesuai waktu pelaksanaan penelitian.
Penelitian dalam kategori 6 akan dikenakan bench fee dan biaya penyusutan alat.
Penelitian dalam kategori 7 dikenakan biaya seperti pada penelitian kategori 6.
Penelitian yang sudah dibebani biaya / fee seperti pada butir a sampai dengan e, tidak dikenakan biaya tambahan untuk :
Meja kerja/bench
Penggunaan alat laboratorium
Beban listrik
Aquades, CO2
BIAYA / FEE PENGGUNAAN FASILITAS LABORATORIUM
Biaya ini dikenakan kepada mahasiswa S2/S3 yang mengerjakan penelitian tesis/disertasi dengan perincian sebagai berikut :
Tabel Biaya/Fee Penggunaan Fasilitas Laboratorium
No.
Waktu
Bench Fee
Deposit
Administrasi
Jumlah
1
s/d 1 bulan
Rp. 100.000,-
Rp. 50.000,-
Rp. 20.000,-
Rp. 170.000,-
2
1 s/d 3 bulan
Rp. 250.000,-
Rp. 125.000,-
Rp. 20.000,-
Rp. 395.000,-
3
1 s/d 6 bulan
Rp. 450.000,-
Rp. 225.000,-
Rp. 20.000,-
Rp. 695.000,-
Keterangan :
Uang deposit akan dikembalikan utuh apabila tidak digunakan untuk pembiayaan alat, bahan, dan penggantian alat yang rusak.
Peneliti S3 yang membawa asisten dikenakan bench fee untuk asistennya.
Untuk perpanjangan penggunaan laboratorium hanya diperkenankan maksimum dua kali perpanjangan.
BIAYA PELAYANAN TEKNISI
Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA) Fakultas Biologi UGM terbuka sesuai jam kerja. Penggunaan laboratorium harus selalu didampingi oleh teknisi, untuk itu penelitian yang menggunakan fasilitas di luar jam kerja, perlu membayar administrasi (biaya lembur). Pekerjaan lembur diatur sebagai berikut :
Mulai pukul 15.30 – 18.00 dikenakan biaya lembur setiap jamnya sebesar Rp. 2.500,-/orang.
Sesudah pukul 18.00 sampai jam kerja hari berikutnya dikenakan biaya lembur setiap jamnya Rp. 5.000,-/orang.
Hari minggu/libur dikenakan biaya lembur setiap jamnya Rp. 2.500,-/orang.
Pelaksanaan pembayaran yang terkait dengan butir a, b, c diatas dilaksanakan di bagian administrasi FALITMA Fakultas Biologi sesudah kerja lembur dilaksanakan.
Peraturan pada butir a, b, c, dan d tidak berlaku bagi mahasiswa S2 Fakultas Biologi.
CARA PENDAFTARAN
Mengajukan surat permohonan penggunaan fasilitas laboratorium yang ditujukan kepada Kepala Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA) Fakultas Biologi UGM, dengan diketahui pembimbing tesis/disertasi dan atau pengelola Program Studi.
Apabila permohonan telah disetujui oleh Kepala Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA) Fakultas Biologi UGM, selanjutnya mendaftarkan diri di bagian Administrasi FALITMA dengan menyerahkan :
Uang penggunaan fasilitas laboratorium, sesuai peraturan yang ditentukan.
Photo ukuran 2 x 3 sebanyak 2 lembar (khusus bagi peneliti yang waktunya minimal 3 bulan).
Bagi peneliti proyek, pembayarannya dapat dilakukan setelah dana penelitian turun/diterima.
TATA TERTIB PENGGUNAAN FASILITAS LABORATORIUM
Setiap pengguna fasilitas laboratorium diwajibkan menggunakan tanda pengenal yang telah diberikan oleh bagian administrasi Fasilitas Laboratorium Bersama (FALITMA) Fakultas Biologi UGM dan menaati peraturan yang berlaku, antara lain :
Menghubungi Kepala Laboratorium, tempat pengguna melaksanakan kegiatan penelitiannya.
Pengguna fasilitas harus memahami biosafety dan menyerahkan rencana kerja/proposal penelitian termasuk alat-alat utama yang akan digunakan.
Selama bekerja di laboratorium, pengguna fasilitas diwajibkan menggunakan jas lab lengan panjang (standar kelas P2).
Memahami cara kerja alat/instrument yang akan digunakan dengan mendapat bimbingan dari Kepala Lab./teknisi laboratorium atau dari penuntun kerja (buku petunjuk). Bila dipandang perlu dapat dilakukan pelatihan singkat oleh tenaga professional FALITMA Fakultas Biologi UGM.
Perubahan tempat bagi pengguna laboratorium harus sepengetahuan dan mendapat persetujuan dari Kepala Laboratorium yang dituju.
Dilarang memindahkan alat laboratorium dari posisi yang telah ditentukan.
Mencatat pemakaian alat pada Logbook/buku penggunaan alat yang telah disediakan, dengan diketahui oleh teknisi laboratorium yang bersangkutan.
Apabila terjadi kerusakan alat, baik karena kesalahan tata kerja atau karena sebab-sebab lain, pengguna fasilitas harus segera melaporkan kepada Kepala Laboratorium atau teknisi yang bertanggung jawab.
Biaya penggantian/perbaikan karena kesalahan pemakaian sepenuhnya dibebenkan kepada pengguna fasilitas.
Setiap kali selesai menggunakan alat, pengguna diharuskan meneliti kelengkapan dan accessories alat terkait, serta membersihkan dan mengembalikan seperti kondisi semula.
Pengguna fasilitas diperbolehkan bekerja dalam pengawasan pengelolaan/teknisi selama jam kerja 07.30-15.30 WIB. Penggunaan di luar ketentuan tersebut harus mendapat ijin persetujuan dari Kepala Laboratorium dan mematuhi ketentuan dan aturan pembiayaan yang berlaku.
Pengguna fasilitas tidak diperkenankan membawa tas, makanan, minuman dan merokok di ruang laboratorium.
Pengguna fasilitas wajib bertanggung jawab atas kebersihan dan kerapihan tempat kerja, termasuk mematikan listrik, kran air, dan gas setelah selesai bekerja dan untuk menghindari hal-hal yang tidak diinginkan, pengguna dilarang menggunakan alat-alat selain yang dibutuhkan.
Pengguna fasilitas tidak diperkenankan mengajak orang lain yang tidak dimintakan ijin untuk ikut bekerja atau menunggu di ruang laboratorium.
Bagi pengguna fasilitas diharapkan bekerja secara aktif dan kontinyu, apabila selama 3 bulan tidak melakukan aktivitas penelitian, maka, ijin kerja penelitiannya akan dicabut dan tempat kerjanya akan diberikan kepada pengguna fasilitas yang lain.
Setelah ijin penelitian selesai, sementara penelitiannya masih berlangsung, maka pengguna fasilitas diwajibkan segera memproses perpanjangan ijin di bagian administrasi.
Setelah pengguna fasilitas lab selesai bekerja diwajibkan segera membersihkan tempat kerja dan mengambil barang-barang yang tidak diperlukan lagi ditempat penyimpanan dan segera menyelesaikan administrasinya.
Bagi para pengguna fasilitas laboratorium yang melanggar peraturan/tata tertib yang telah ditetapkan akan dikenakan sangsi pencabutan ijin kerjanya.
Hal-hal lain yang belum tercantum dalam peraturan dan tata tertib akan diatur dan dipertimbangkan kembali atas persetujuan Kepala Laboratorium. Peraturan ini berlaku sejak tanggal ditetapkan.
Loading Comments...
We use cookies to ensure that we could give you the best experience on our website. If you continue to use this site we will assume that you are agree with our decision.
Kami menggunakan cookie untuk memastikan bahwa kami dapat memberikan Anda pengalaman terbaik di situs web kami. Jika Anda terus menggunakan situs ini, kami akan menganggap bahwa Anda setuju dengan kami.Accept/Setuju
